Вы можете направить задание на выполнение в системе PBS с любого
компьютера фермы от lxfarm00 до lxfarm03.
Постановка задания в очередь выполняется командой qsub. В качестве
обязательного аргумента выступает имя файла задания (script). Кроме
того, желательно указать запрашиваемое для выполнения задания
процессорное время, либо имя очереди. В противном случае, как уже
отмечалось, задание будет направлено в очередь veryshort с
максимальным временем исполнения 10 минут. Примеры:
qsub -q long bscript
направит задание, описанное в файле bscript, в очередь long.
qsub -l cput=6:00:00 bscript
запросит для выполнения задания, описанного в файле bscript,
6 часов 00 минут 00 секунд процессорного времени.
Таким образом, данное задание также попадет
в очередь long. Отметим однако, что в случае, когда процессорное
время в явном виде не запрошено, а указано имя очереди, то предполагается,
что пользователь запросил максимально возможное для данное очереди время.
Поэтому если в приведенных выше
примерах оба задания окажутся в состоянии ожидания (т.е. все процессоры
будут заняты), то первым на выполнение уйдет задание из второго примера,
поскольку у него запрошенное время меньше, чем у первого. Заметим также,
что нет смысла указывать в команде qsub и имя очереди и
запрашиваемое время.
Файл задания (bscript в нашем примере) в простейшем случае
может состоять из одной строки с обращением к выполняемой программе:
program
где program - имя выполняемой программы с указанием полного пути
к ней, если это необходимо. Отметим, что файл задания не обязательно
должен иметь атрибут x.
Важно: При выполнении файла задания в системе PBS
предполагается, что пользователь оказывается в корневом каталоге
своей домашней директории. Если программа program
находится не в корневом каталоге, а скажем, в каталоге simu,
то для ее выполнения необходимо чтобы либо путь к программе
входил в переменную PATH пользователя, либо этот путь был
явным образом задан в файле задания bscript:
simu/program
Другой способ решения проблемы - явным образом перейти в каталог
simu в файле bscript:
cd simu
program
Последний способ особенно удобен, если в каталоге simu, помимо
самой исполняемой программы, находятся также файлы ввода и/или вывода.
Более сложные варианты файла задания будут приведены в следующих разделах.
При направлении задания на PBS пользователь может запросить и другие
ресурсы, кроме процессорного времени. Запрашиваемые ресурсы указываются
через опцию -l команды qsub и перечисляются через запятую.
Например, команда
qsub -l cput=30:00,mem=500mb bscript
запросит для выполнения задания 30 минут процессорного времени и 500 Мбайт
оперативной памяти.