Ввод-вывод в системе PBS

При работе в системе PBS важно понимать, каким образом осуществляются операции ввода и вывода.

• Ввод с клавиатуры. Поскольку в системе PBS программа работает в batch режиме, то пользователь должен позаботиться о том, чтобы обеспечить программу теми данными, которые в интерактивном режиме должны были вводиться с клавиатуры. Проще всего это сделать, перенаправив в поток ввода данные, предварительно записанные в локальный дисковый файл. Положим, программа scitrd при работе в интерактивном режиме ожидает ввода с клавиатуры последовательно нескольких параметров. Тогда, записав эти параметры в файл с именем scitrd.$\!$inp, можно вставить в файл задания bscript такую строку:
  scitrd <scitrd.inp
  Если для работы программы необходимо ввести всего одну строку с параметром или командой, то можно и не создавать дополнительного файла, а написать в bscript:
  echo ``exec thcal 10000 3 5'' | atlsim -w 0
  Такое задание означает: запустить программу atlsim -w 0 и на ее запрос/ожидание как бы ввести с клавиатуры следующую строку: exec thcal 10000 3 5.
• Вывод на экран. По умолчанию система PBS во время выполнения программы записывает потоки вывода и ошибок (то, что при интерактивной работе обычно выводится на экран) в два временных файла на том компьютере, где исполняется программа. По окончании выполнения задания PBS пытается переслать эти файлы на тот компьютер, с которого было запущено задание (была выполнена команда qsub). Однако на кластере Lxfarm запрещены те протоколы, которые позволяют копировать файлы с компьютера на компьютер без ввода пароля. Поэтому попытка переслать файл с потоками вывода/ошибок оказывается неудачной, о чем PBS информирует пользователя, посылая ему e-mail. Чтобы решить проблему, можно воспользоваться перенаправлением выходных потоков в файл на диске. Для этого запишите в файл задания bscript:
  scitrd <scitrd.inp >&scitrd.out
  Тогда поток вывода и ошибок будет направлен в файл scitrd.$\!$out.

  Другое решение - указать опцию -k в команде qsub:
  qsub -q long -k oe bscript
  Эта опция указывает на необходимость сохранить (keep) файлы с записью потока вывода (o) и ошибок (e) на том компьютере, где программа выполнялась, а не пересылать их на компьютер, с которого было направлено задание. Файлы потоков вывода и ошибок по умолчанию будут называться bscript.$\!$oXXX и bscript.$\!$eXXX соответственно, где XXX - номер задания в PBS системе. Обычно бывает удобно объединить эти файлы в один, что можно сделать с помощью опции -j (join):
  qsub -q long -k oe -j oe bscript
  По завершении задания эти файлы/файл оказываются в домашнем каталоге пользователя.

• Чтение и запись с диска и на диск. Поскольку домашние каталоги пользователей на всех компьютерах под управлением PBS одинаковы, то нет необходимости заботиться о том, на каком компьютере будет выполняться задание: все они имеют одинаковые права на чтение и запись в каталоги пользователя. Это замечание относится и к разделу /scratch00, о котором говорилось в параграфе 5.