В PBS существует несколько очередей (queue), которые не привязаны к определенному вычислительному компьютеру, а принадлежат всей системе PBS в целом. Каждая очередь имеет имя и обладает набором атрибутов, наиболее важными из которых являются максимальное процессорное время, в течение которого задание может исполняться, а также список пользователей, которые имеют право направлять задания в данную очередь. Пользователь составляет свое задание и направляет его в определенную очередь, указав либо имя очереди, либо необходимое для выполнения задания процессорное время. Пользователь может запросить и другие ресурсы, например, объем оперативной памяти, необходимый для выполнения задания.
Система PBS настроена таким образом, что на каждом вычислительном компьютере может выполняться ограниченное число заданий, равное числу процессоров на данном компьютере. Управляющий сервер направляет задание на тот вычислительный компьютер, который удовлетворяет запрошенным в задании пользователя критериям и в данный момент является свободным. Если все процессоры на всех WN заняты, задание остается ждать в очереди. Когда какой-либо процессор на WN освобождается, на нем начинает выполняться одно из таких ждущих заданий. Какое именно задание и из какой именно очереди - определяется достаточно сложной системой приоритетов. Эта система может меняться со временем, например, в какие-то периоды времени давая более высокий приоритет заданиям, направляемым на ферму одним из ЦЕРНовских экспериментов через систему GRID, а в другие периоды - напротив, заданиям локальных пользователей. При прочих равных условиях приоритет будут иметь те задания, которые требуют для выполнения меньшее компьютерное время и которые раньше встали в очередь.