Ввод-вывод в системе PBS

При работе в системе PBS важно понимать, каким образом осуществляются операции ввода и вывода.

• Ввод с клавиатуры. Поскольку в системе PBS программа работает в фоновом режиме, то пользователю необходимо позаботиться о том, чтобы обеспечить программу теми данными, которые в интерактивном режиме должны были вводиться с клавиатуры. В разделе  рассказано, как это можно сделать.
• Вывод на экран. По умолчанию система PBS во время выполнения программы записывает потоки вывода и ошибок (то, что при интерактивной работе обычно выводится на экран) в два временных файла на том компьютере, где исполняется программа. По окончании выполнения задания PBS пытается переслать эти файлы на тот компьютер, с которого было запущено задание (была выполнена команда qsub). Однако на кластере Lxfarm запрещены те протоколы, которые позволяют копировать файлы с компьютера на компьютер без ввода пароля. Поэтому попытка переслать файл с потоками вывода/ошибок оказывается неудачной, о чем PBS информирует пользователя, посылая ему e-mail. Но e-mail также не может пройти с одного компьютера, где выполнялось задание (WN) на другой (UI), с которого оно было направлено, из-за ограничений, накладываемых организацией сети в МИФИ.

  Чтобы решить проблему, можно перенаправить выходные потоки выполняемой программы в файл на диске, как это показано в разделе . Другое (рекомендуемое) решение - применить опцию -k в команде qsub:
  qsub -q long -k oe bscript
  Эта опция указывает на необходимость сохранить (keep) файлы с записью потока вывода (o) и ошибок (e) на том компьютере, где программа выполнялась, а не пересылать их на компьютер, с которого было направлено задание. Файлы потоков вывода и ошибок по умолчанию будут называться bscript.$\!$oNNN и bscript.$\!$eNNN соответственно, где NNN - номер задания в PBS системе. Обычно бывает удобно объединить эти файлы в один, что можно сделать с помощью опции -j (join):
  qsub -q long -k oe -j oe bscript
  По завершении задания этот файл под именем bscript.$\!$oNNN записывается в домашний каталог пользователя на том компьютере, где выполнялось задание, т.е. на одном из WN. А поскольку домашний каталог пользователя экспортируются посредством сетевой файловой системы NFS на все UI и WN компьютеры, то файл bscript.$\!$oNNN автоматически оказывается доступен и на любом из UI компьютеров.

• Чтение и запись с диска и на диск. Как уже отмечалось, благодаря сетевой файловой системе NFS пользователь имеет один и тот же набор своих каталогов и файлов на всех UI и WN компьютерах. Поэтому, если программе необходимы какие-то входные дисковые файлы, или она выводит что-то на диск, то нет необходимости заботиться о том, чтобы пересылать эти файлы между UI и WN. Это замечание относится и к каталогу /scratch00, о котором говорилось в разделе .